Dobrymi przykładami są nawozy zielone, nawozy zwierzęce oraz popiół z drewna. Zaletą tej formy zapłodnienia jest to, że nie tylko są główne składniki odżywcze wymienione powyżej, ale także materia organiczna i humus,
Nawóz organiczny poprawia strukturę gleby, zatrzymuje wilgoć, udrażnia, poprawia życie mikrobiologiczne gleby. Odpowiednia ilość materii organicznej w glebie może pomóc odżywić glebę w najpotrzebniejsze składniki, poprawić jej strukturę i przyczynić się do wzrostu korzeni.
Nawóz organiczny działa wolniej i oszczędniej porcjuje odpowiednie składniki co daje bardziej długotrwały efekt. Stosując nawozy sztuczne możemy przedawkować minerały.
Stosując nawóz organiczny możemy skupić się na dostarczeniu określonego, najpotrzebniejszego składnika. Oczywiście, najlepiej używać nawozów organicznych, która są kombinacją wieloskładnikową o wysokiej zawartości substancji organicznych. Ważną zaletą nawozu organicznego jest recykling materiałów jak liście czy słoma.